Kutil merupakan masalah kesehatan kulit yang pada umumnya ditandai dengan munculnya bejolan kecil bertekstur kasar pada permukaan kulit yang disebabkan oleh virus yaitu human papiloma virus (HPV). Salah satu teknik pengobatan penyakit kutil adalah imunoterapi, metode ini merupakan pengobatan dengan meningkatkan sistem kekebalan tubuh untuk mengatasi penyakit kutil. Naive bayes dan Support Vector Machine (SVM) merupakan metode algoritma data mining yag digunakan untuk melakukan klasifikasi. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk melakukan perbandingan antara algoritma Naive Bayes dengan Support Vector Machine (SVM) dalam memprediksi keberhasilan metode pengobatan imunoterapi pada pengobatan penyakit kutil. Pengujian yang dilakukan menggunakan metode Naive Bayes dan Support Vector Machine (SVM) menggunakan bahasa pemrograman R, kemudian hasilnya digunakan untuk melakukan perbandingan. Hasil dari penelitian ini dinyatakan bahwa metode Naive Bayes memiliki kemampuan prediksi lebih unggul dibandingkan dengan Support Vector Machine (SVM) dikarenakan Naive bayes dapat melakukan prediksi terhadap semua instance class secara tepat dengan tingkat akurasinya adalah 1.